Baseado em trabalhos e levantamentos realizados no Parque Estadual do Cantão, no Tocantins, com o intuito de classificar as Comunidades Naturais em termos de Estrutura Florestal utilizando-se a metodologia de Avaliação Ecológica Rápida. A predominância na área do Parque é de ambientes florestais, devendo ser destacados também os ambientes que ocorrem sobre as areias quartzosas e demais áreas de deposição de sedimentos anuais às margens dos rios e furos. As diferentes fisionomias florestais foram classificadas em:
- Floresta Perenifolia Sazonalmente Alagada
Florestas inundadas na estação das chuvas. Em alguns locais a formação assemelha-se aos igapós e florestas de várzea da região Amazônica, que, quando localizados nos canais de drenagens, são popularmente denominados esgotos. O nível da água, por ocasião das cheias, pode ultrapassar os 2,00m. Nessa formação podemos citar o Callophylum brasiliensis (Landi) como espécie indicadora.
- Floresta Estacional Semidecidual
São as florestas que não alagam no período das chuvas. Essa formação se estabeleceu nos locais de cotas mais altas e quando entremeada com a Floresta Sazonalmente Alagada é chamada de torrão. O ambiente é mais diverso, sendo seu sub-bosque bastante denso, dada a abundância em lianas. No período de estiagem, algumas árvores de maior porte e que ocupam o estrato superior perdem as suas folhas, aumentando a incidência de luz nos estratos abaixo, dentre elas os Ipês (Pau D’arco) e as Imburanas. Destaque também para os jatobás ocupando sempre o estrato emergente;
- Mata Ciliar
A faixa ciliar que ocorre nos diques marginais é povoada pelas mesmas espécies da Floresta Estacional Semidecidual, sendo diferenciada fisionômicamente desta última pela abundância em trepadeiras que praticamente encobrem a copada, devido a maior incidência de luz. Já no entorno das lagoas e nos canais (rios ou furos) onde a velocidade da água é menor (locais de deposição de sedimentos) a vegetação é mais baixa, em torno de quatro a seis metros. Essa vegetação apresenta-se parcialmente submersa no período das chuvas. Nesses locais as espécies predominantes são algumas mirtaceaes, principalmente do gênero Eugenia, a Mabea (mamoninha), uma Ocotea, uma Licania (bananinha), dentre outras. Quase todas frutificam no período das chuvas. Dentre as espécies arbóreas de maior porte a Vochysia divergens (Canjerana), sendo bastante frequente na faixa ciliar.
- Capoeiras:
São os ambientes florestais que ocorrem nos estágios iniciais da sucessão secundária, decorrentes de alterações antrópicas ou naturais (raios) e na sucessão primária (primeira ocupação do solo). Apresentam-se com distintas fisionomias: capoeiras de roças abandonadas (podendo ainda serem diferenciadas conforme a intensidade de uso do solo), capoeiras nas ilhas (sucessão primária), etc.
As demais formações vegetais que ocorrem sempre associadas aos locais de deposição de sedimentos (areias e partículas finas) recentes foram classificadas em:
- Varjão: este ambiente é caracterizado pelo predomínio de uma espécie de gramínea, a Paspalum repens, que atinge mais de 2 m de altura. Essas áreas são alagadas anualmente, quando só se avista parte da gramínea permanecendo o restante submerso. Em alguns locais apresentam torrões com espécies arbóreas ou arbustivas sempre emaranhadas com trepadeiras. Em outros, o solo é colonizado por diferentes espécies de gramíneas, herbáceas de menor porte e espécies arbustivas, dentre elas o Assapeixe;
- Saranzal: são os corredores de sarãs (Sapium haematospermum) com altura média de 4-5m que, em alguns locais, apresentam abundância de trepadeiras sobre a sua copada. Quando ocorrem próximos a capoeiras observa-se intensa regeneração de embaúbas em suas bordas.
- Praias: são os depósitos de areia quartzos onde podem ser encontrados, nas áreas que alagam, povoamentos ou indivíduos isolados de uma espécie de myrtaceae, a goiabinha da praia (Psidium riparium). Já nas áreas mais elevadas são povoadas por várias espécies herbáceas de pequeno porte e arbustivas. Dentre elas a Sida cordifolia, arbusto com cerca de 50cm e bela floração amarelada.
- Vegetação Herbácea-Arbustiva (relva): ocorre nos bancos de lodo. São gramíneas e cyperaceas de pequeno porte (relva), sendo sucedidas por outras herbáceas e arbustivas como o calombi.

o Cantão é uma ampla planície aluvial composta em sua maioria por areias quartzosas, sedimentos depositados pelos rios Javaés e Araguaia.

Os solos, de acordo com o zoneamento ecológico do Estado e do Radam Brasil, são predominantemente hidromórficos. Verifica-se porém, em uma escala mais detalhada, que os solos aluviais, de formação alóctone, ocupam uma razoável parcela do Parque.

O Cantão é uma ampla planície aluvial composta em sua maioria de areias quartzosas, sedimentos depositados pelos Rios Javaés (limite sul) e Araguaia (limite oeste). O Rio do Coco (limite leste) provavelmente foi formado pelos meandros do Rio Javaés, em um processo que formou um delta interior entremeado de lagos e canais abandonados. Furos entre o Araguaia e o Coco formam-se e assoreiam-se em ciclos, e nesse processo deixam um padrão complexo de diques marginais e praias de areia.
A área total de águas interiores do PEC é 8.148 hectares, incluindo 843 lagos e 156 Km de furos e canais navegáveis. A diferença entre lagos, furos e canais, em termos ecológicos, praticamente não existe já que, durante a cheia, todos esses corpos de água se interconectam. Durante a cheia normal é possível cruzar o Cantão navegando entre lagos através dos esgotos. Em junho, secam-se os esgotos e a maior parte dos furos e canais fica interrompida em vários locais por bancos de areia, transformando-se em cadeias de lagos isolados. O Rio Javaezinho, de 21 Km de comprimento é o único furo que não se fecha na seca.
As águas interiores do PEC fluem, de modo geral, do Rio Javaés para o Rio do Coco, e desembocam no Araguaia no porto da balsa de Caseara. O Javaés traz águas de coloração escura com poucos sedimentos, alimenta o Javaezinho, e desemboca no Rio Araguaia. Não obstante, as águas do Javaés não misturam-se de imediato com as águas barrentas do Araguaia, porém seguem fluindo pela margem direita do Araguaia. Na cheia, entram pelos furos Perdido e Cicica, fluindo por todo o interior do Cantão até o Rio do Coco. As águas do Araguaia chegam ao Furo da Barreirinha já mais misturada com as do Javaés, e durante a cheia, entram no Furo e fluem ao Rio do Coco.
As águas de coloração escura do interior do PEC parecem ser acídicas com poucos nutrientes e sedimentos. A coloração escura dessas águas se deve a uma alta concentração de ácido húmico. Fora dos varjões, as águas do Parque têm escassa flora aquática, salvo nas margens de alguns lagos, sofrendo um processo de assoreamento onde ocorre uma flora de macrófitos aquáticos mais diversificada.

Tropical úmido. O período de cheia é de outubro até abril ou maio, quando quase toda a precipitação de 2.000 milímetros do Cantão cai na forma de chuvas torrenciais.