Criada em 31 de julho de 2000, pela Lei n° 1.172, com 461.730 hectares a APA do Jalapão ocupa terras dos municípios de Mateiros, Novo Acordo e Ponte Alta do Tocantins. 

Ela funciona como uma zona de amortecimento para o Parque Estadual do Jalapão e propicia a conectividade do Parque a sul com a Estação Ecológica da Serra Geral do Tocantins e a oeste com o Parque Nacional das Nascentes do Rio Parnaíba.

Por sua localização estratégica ela faz parte do Corredor Ecológico Jalapão/ Mangabeiras. Registra em seus limites a presença de espécies ameaçadas de extinção, como o Lobo-Guará (Chrysocyon brachyurus) e arara-azul-grande (Anodorhyncus hyacinthinus) e o pato-mergulhão (Mergus octosetaceus), uma das aves mais ameaçadas das Americas.